Uma coisa comum para se fazer com shells é executá-los como cronjobs, seja para limpar a base de dados de vez em quando ou enviar newsletters. Isto é algo trivial e pode ser feito assim:
*/5 * * * * cd /full/path/to/app && Console/cake myshell myparam
# * * * * * comando para executar
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# │ │ │ │ │
# │ │ │ │ \───── dia da semana (0 - 6) (0 a 6 - Domingo a Sábado,
# | | | | ou utilize nomes (em inglês))
# │ │ │ \────────── mês (1 - 12)
# │ │ \─────────────── dia do mês (1 - 31)
# │ \──────────────────── hora (0 - 23)
# \───────────────────────── minuto (0 - 59)
Você pode ver mais informações aqui: https://pt.wikipedia.org/wiki/Crontab